Genes y ecología: adaptación de genes mitocondriales en mamíferos subterráneos.

Entender los procesos y mecanismos de la evolución molecular es uno de los desafíos actuales de la biología. El genoma mitocondrial es ampliamente utilizado en estudios filogenéticos y poblacionales, asumiendo, en muchos casos, que se ajusta a la teoría neutral. El objetivo final de mi tesis de doctorado es evaluar la existencia de selección positiva asociada a la invasión del nicho subterráneo, un ambiente hipóxico, en el genoma mitocondrial donde se encuentran genes codificantes de proteínas involucradas en la respiración celular. Para ésto se secuenciarán genomas mitocodriales completos de roedores histricognatos de: i) dos linajes emparentados que invadieron independientemente el nicho subterráneo: tres tucu-tucus (Ctenomys sociabilis, C. rionegrensis, C. leucodon), y el coruro (Spalacopus cyanus), ii) dos parientes cercanos no subterráneos de los taxa anteriores: el degu (Octodon degus) y la rata vizcacha colorada (Tympanoctomys barrerae) y iii) una rata espinosa (Proechimys longicaudatus) como grupo externo. La secuenciación se comienza a partir de oligonucleótidos de “consenso” de genomas mitocondriales completos de roedores histricognatos (Cavia porcellus y Thryonomys swinderianus) disponibles en GenBank, que amplifican fragmentos solapados de 2.000 pb aproximadamente. Sobre las secuencias así obtenidas se diseñan oligonucleótidos específicos para continuar la secuenciación. Hasta ahora llevo secuenciado aproximadamente 8.000 pb, en las que se observa que el ordenamiento de los genes (incluyendo Cys-tRNA, Tyr-tRNA, Ser-tRNA, Asp-tRNA, Lys-tRNA, Gly-tRNA, Arg-tRNA, subunidades I, II y III de la citocromo c oxidasa, subunidades 8 y 6 de la ATPasa, subunidades 3 y 4L de NADH deshidrogenasa, citocromo b, y la región control) se mantiene con respecto al de los genomas mitocondriales de roedores histricognatos conocidos. El análisis de algunos genes muestra un sesgo composicional de bases y de transiciones: tranversiones acorde a lo esperado. El análisis filogenético de los mismos corrobora hipótesis previamente postuladas sobre relaciones entre estos géneros